Суп анон-химик/биолох/медик, как и обещал вчера ночью, запилю пост за ВЫЧИСЛЕНИЯ ПРОТЕИНОВ. Я не тот вычислятор, просто решил немного поделится.

https://cloud.mail.ru/public/JTqP/n27cUUGhy - книжки по биоинформатике
https://cloud.mail.ru/public/LAsA/Nk4jpiG5C - книжки по computational chemistry

это сохроненная бодборка из библиотеки колхоза

http://autodock.scripps.edu/ - там лежит аутодок, годнейшая тулзень для докинга малых лигандов, мануал там же
http://www.gromacs.org/ - там лежит громакс, тулзень для расчетов втч термических колебаний здоровенных молекул вроде белков
вычисление третичной структуры белка из исходной первичной - говно и ненужно, так как у этих обычно в вакууме при 25 градусов и прочие стд. условия (конечно не совсем так, ну ты понел). да и еще эти умники вообще в основном работают с первичной структурой полученной с мднк из секвенированных генов после прогоняния через сомнительные вещи вроде splign из пакета ncbi (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

гуглим за GANDI - тулзень для расчета лигандов ab initio

если надо кванты (а обычно они не сильно надо, есь жы рентген и ямр) - только GAMESS, только хардкор, только семиэмпирические методы (как не странно, но ab initio иногда с проглотом)

и вообще, начни с того что осилишь органическую химию (ну после хотя бы осиливания общей, хотя бы Глинку) - Терней, Потом Сандберг-Кери, тогда Марч. минимум. потом еще квантовую химию (http://ihtik.lib.ru/2012.03_ihtik_chem/ - тут дохуя книжек по химии). да, и медицинскую тоже почитай, и биохимию/биоорганику. и биофизику обязательно. на ихтике дохуя книжек.

лиганды рисуем сами, белки вычислять не надо, Protein Data Bank
и ваще, есть еще дохуя тулзей годных - втикни хотя бы в репах генты что по химии есть (да, линух нужен)

ботань, удачи!
бампану 10 раз красавицами и съебу в закат